Après un accord passé avec la municipalité d'Apeldoorn, Wim Mager installa donc en 1971 plusieurs groupes de singes laineux, d'atèles et de petits primates autour d'un baraquement, au coeur du Natuurpark Berg & Bos, vaste parc boisé de 200 hectares. Les singes vivaient alors en totale liberté et les visiteurs avaient l'opportunité de les approcher et de découvrir leurs comportements naturels. Rapidement, les animaux s'adaptèrent à ces nouvelles conditions et de nombreuses naissances furent enregistrées. Face à ces premiers succès, à la fois zoologiques et touristiques, la municipalité d'Apeldoorn autorisa l'expansion d'Apenheul et un groupe de huit (2.6) jeunes gorilles des plaines de l'ouest (Gorilla gorilla gorilla) fut acquis en 1974 et 1975. Ces animaux furent installés sur une vaste île d'un hectare et demi, entourée d'un fossé d'eau, et se reproduisirent dès 1979 !

En 1981, un grave incendie détruisit une partie des installations d'Apenheul, en particulier le bâtiment animalier, et entraîna la mort d'une quarantaine d'animaux. Lors de la reconstruction, il fut décidé de structurer le parc en zones géographiques où les primates vivraient en semi-liberté ; ceux-ci commençaient en effet à s'enhardir et à explorer jusqu'aux terrasses des zones de restauration et il devenait urgent de les contenir dans des enclos délimités. En 1986, l'entreprise privée fut transformée en fondation Stichting, avec pour objectif d'impliquer de plus en plus les visiteurs dans la conservation globale des milieux et de la biodiversité.

Les années 1990 virent l'ajout de plusieurs bâtiments et structures animalières importantes, avec, entre autres, l'installation d'un groupe de bonobos (Pan paniscus) en 1996, puis l'arrivée des orangs-outans de Bornéo (Pongo pygmaeus) en 1999. Ces derniers disposent d'une installation assez unique, constituée d'une archipel de sept îlots, reliés les uns aux autres par près de dix kilomètres de cordages et filets ! En 1997, Wim Mager quitta la direction d'Apenheul et s'engagea dans la création de La Vallée des Singes à Romagne en France, parc développé selon le même concept et accueillant aujourd'hui près de 200 000 visiteurs.

Depuis le début des années 2000, un important effort a été fourni pour améliorer l'accueil du public et diversifier l'expérience de visite. Ainsi, un parcours dans les arbres Apenboompad à la découverte des primates sud-américains, a été aménagé en 2002, puis une vaste tribune Bongo Bonde en 2004, où a lieu quotidiennement le nourrissage pédagogique des gorilles. En 2008, une seconde passerelle a été créée pour offrir de nouveaux points de vision sur l'île des bonobos et sur la zone sud-américaine, dotée maintenant d'une large volière visitable de l'intérieur. Plusieurs espèces de non-primates ont également été ajoutées à la collection animale en parallèle à ces aménagements : un groupe de sangliers des Visayas (Sus cebifrons negrinus) depuis 2007, des coatis bruns (Nasua narica), un fourmilier géant (Myrmecophaga tridactyla) de 2007 à 2012, de plus en plus d'oiseaux, ainsi que quelques reptiles et amphibiens. Le nouvel enclos des magots (Macaca sylvanus) a été achevé en 2005 ; assez ouvert, agrémenté de faux rochers et censé représenter les montagnes de l'Atlas, il est très différent du reste des autres installations. Apenheul a accueilli ses premiers propithèques couronnés (Propithecus coronatus) en 2006 ; cette espèce menacée dans son milieu naturel et très rare en parc zoologique s'est reproduite ici dès 2009 et à plusieurs reprises depuis. Un centre de conférences nommé De St@art, doté d'un auditorium de 300 places et de diverses salles de réunion, a été bâti en 2010 non loin de l'entrée. L'année 2011 a été marquée par la naissance exceptionnelle de cinq bébés gorilles ; leur île à Apenheul, d'une surface actuelle d'un hectare et dotée d'une dense végétation naturelle, reste une des plus belles installations pour ces animaux et explique en partie le succès de reproduction, près de cinquantaine gorilles ayant vu le jour ici depuis 1979. Trois nasiques (Nasalis larvatus), espèce délicate et non présente en Europe depuis une vingtaine d'années, ont été importés du Singapore Zoo en 2011 ; deux individus sont malheureusement morts en 2012 et 2013 et le dernier vit aujourd'hui en cohabitation avec un semnopithèque de Java femelle ; Apenheul souhaite continuer à s'investir dans l'élevage de cette espèce menacée et l'importation de nouveaux individus seraient à l'étude.

Apenheul reste aujourd'hui une des références mondiales de parc spécialisé ; il fut l'un des premiers à présenter des primates en semi-liberté dans de grands enclos naturels, dans lesquels le visiteur pouvait entrer et ainsi approcher les animaux au plus près dans leur environnement. De nombreux succès de reproduction ont été enregistrés tout au long de l'histoire du parc. La dernière décennie a vu plusieurs aménagements focalisés sur l'accueil des visiteurs, mais toujours liés à une réelle pédagogie. Le nourrissage des gorilles qui a lieu quotidiennement devant la tribune Bongo Bonde reste un exemple dans le genre !