La visite peut commencer par l'entrée supérieure. Après avoir traversé différents jardins botaniques, vous trouvez à votre droite l'ancienne fosse aux ours, construite en 1893 et aménagée par la suite pour héberger des chouettes lapones (Strix nebulosa) et des hiboux grands-ducs (Bubo bubo). Des chèvres de Crête (Capra aegagrus cretica) vivent dans un enclos non loin de la fosse aux ours. La boutique du zoo se trouve à cet emplacement.

La zone holarctique se trouve un peu plus loin. Des espèces originaires des zones tempérées et polaires de l'hémisphère nord ont été regroupés dans ce complexe. Deux conceptions à la mode ont participé à l'élaboration de ce projet dans les années 1970 : réunir des animaux d'une même région biogéographique et faire appel à une architecture moderniste fondée sur l'utilisation du béton. L'aspect esthétique de cet ensemble peut être discutable. Par contre, l'hygiène des espaces dévolus aux animaux est indéniable. Un programme d'enrichissement du milieu a donc été mis en place afin d'offrir aux animaux un environnement le plus stimulant possible. Les ours blancs (Ursus maritimus) ont à manipuler de vrais blocs de glace pour s'alimenter des poissons et pommes qui y ont été congelés. Les ours bruns (Ursus arctos) doivent rechercher leur nourriture dispersée plusieurs fois par jour dans leur enclos. Les castors canadiens (Castor canadensis) peuvent ronger des rondins de bois et construire un début de hutte. Les castors cohabitent avec des ratons-laveurs (Procyon lotor). Les loutres naines (Amblonyx cinerea) sont ici des intruses car elles sont d'origine tropicale : le petit enclos qu'elles occupent avait été jugé à l'époque peu adapté à la grande taille des loutres d'Europe ou du Canada.

L'installation des fauves a été conçue en 1989 et inaugurée le 24 juin de cette même année. Elle est composée d'un enclos principal hébergeant des tigres, de trois autres enclos secondaires prévus pour des panthères et de deux petits enclos présentant des félins de plus petite taille. Le Zoo de Mulhouse présente un couple de tigres de Sibérie (Panthera tigris altaica). Ceux-ci sont hébergés dans l'enclos principal qui est aménagé avec des rochers et des essences végétales variés qui rappellent leur contrée d'origine. Tous les enclos récemment aménagés au zoo reconstituent en partie l'habitat d'origine, utilisant des matériaux naturels. Les panthères de Perse (Panthera pardus saxicolor) sont des animaux assez rares à observer en zoos. Seulement 180 individus de cette sous-espèce de léopard vivent en captivité. Deux enclos leur sont destinés au Zoo de Mulhouse. Les panthères des neiges (Uncia uncia) sont présentées dans le troisième et dernier enclos du complexe. Les chats-tigres (Felis tigrina) et les chats des sables (Felis margarita harrisoni) sont logés aux côtés des grands fauves.

Les lynx boréals et les chats manuls (Otocolobus manul) sont présentés depuis 1986 et possèdent donc également des enclos paysagers recréant leur habitat naturel. Celui des lynx possède une superficie de 400 m². Les loups du Canada (Canis lupus occidentalis) et les rennes (Ranfiger tarandus) vivent à l'arrière du complexe holarctique. Quatre louveteaux sont nés le 2 mai 2002. Il est très intéressant de les voir jouer entre eux ou de quémander de la nourriture à leurs parents. Un renne est né le 7 juin 2002.

Quelques herbivores sont hébergés dans la même zone tels que les cerfs de Bactriane (Cervus elaphus bactrianus) ou les bisons américains (Bison bison). Un cerf de Bactriane a vu le jour le 26 mai 2002.

La situation du cerf du Prince Alfred (Cervus alfredi) est, aux Philippines, presque désespérée : on continue à pourchasser les derniers survivants ! C'est en 1985 que l'on prend conscience de la gravité de la situation du cerf du Prince Alfred : un programme de sauvetage est lancé pour l'espèce de cerf la plus menacée du monde. Ses effectifs dans la nature ont été estimés récemment à quelques centaines d'individus. Le Zoo de Mulhouse a signé un accord de coopération avec le Département de l'Environnement philippin dès 1987 par lequel trois actions d'urgence ont été convenues : sensibiliser les populations locales à la disparition de leur cerf, étudier la possibilité de création d'une réserve de 60 000 hectares dans les montagnes de l'île de Panay et établir rapidement un troupeau d'élevage à partir d'animaux récupérés chez des particuliers. Les premiers animaux sont importés à Mulhouse avec pour mission l'établissement d'un troupeau européen. Le financement de toute l'opération est d'abord principalement assuré par les zoos de Mulhouse, de San Diego et de Berlin auxquels se sont joints depuis d'autres partenaires comme le Zoo de Melbourne. Le programme d'élevage s'est révélé un succès notoire : à partir de 13 individus en 1990, l'effectif du troupeau est monté à plus de 70 têtes dont une vingtaine à Mulhouse. Les naissances sont fréquentes et la dernière date du 12 juin 2002. Les trois autres groupes d'élevage ont été établis aux Philippines, sur les îles de Negros et de Panay. Tous ces cerfs restent formellement la propriété du gouvernement philippin : ils ne peuvent donc être cédés ou transférés sans son accord. C'est ainsi que quelques animaux de Mulhouse ont pu être envoyés au Zoo de Berlin en 1994.

Le Zoo de Mulhouse participe depuis 1994 à la réintroduction de l'addax (Addax nasomaculatus) dans le sud marocain. Ainsi deux mâles et deux femelles ont été fournis pour ce programme. Des cormorans (Phalacrocorax carbo) et des pélicans (Pelecanus crispus) vivent dans deux bassins près des bisons américains.

Les otaries à crinières (Otaria flavescens) sont hébergés dans un grand bassin comportant des baies vitrées qui permettent d'observer ces animaux évoluer sous l'eau. Un dressage vétérinaire en public a lieu tous les jours. Le but de ce dressage est d'enseigner à l'animal à se laisser manipuler en toute confiance par l'équipe animalière, ceci afin de pouvoir intervenir plus facilement pour les soins vétérinaires, par exemple pour faire des prises de sang, des échographies ou même des soins bénins. Ceci permet d'éviter très souvent l'anesthésie qui est dangereuse et difficile à maîtriser. Le public a la chance de pouvoir observer ces contacts entre le soigneur et l'animal.

Les tapirs à dos blanc (Tapirus indicus) vivent dans un grand enclos sous le couvert des arbres. Un deuxième enclos, plus petit, permet de séparer les animaux. Les chameaux (Camelus bactrianus) sont visibles un peu plus loin sur le chemin qui continue à travers les arbres.

Le Zoo de Mulhouse élève des cerfs pseudaxis (Cervus nippon pseudaxis) depuis 1979. En 1992, dans le cadre d'un programme de conservation de cette espèce, deux animaux issus du parc national de Cuc Phuong au Vietnam sont venus rejoindre le troupeau déjà établi à Mulhouse. Afin d'améliorer la variabilité génétique, ils sont devenus les nouveaux étalons de l'élevage. Le Zoo de Mulhouse est fier d'avoir élevé une quarantaine de faons depuis cette date. Le troupeau est devenu ainsi le plus grand troupeau de cette espèce maintenu en dehors du Vietnam.

Différentes espèces d'oiseaux sont hébergées dans plusieurs enclos à votre gauche à la sortie du chemin : grues, vautours percnoptères (Neophron percnopterus ginginianus), vautours moines (Aegypius monachus) et cigognes noires (Ciconia nigra). La reproduction de 7 espèces de grues (grue couronnée grise Balearica regulorum gibbericeps, grue antigone Grus antigone, grue couronnée noire Balearica pavoniva pavoniva, grue à cou blanc Grus vipio, grue de paradis Anthropoides paradisea, grue cendrée Grus grus lifordi...), toutes menacées à des degrés divers, est l'une des priorités du Zoo de Mulhouse.

En 1968, une expatriée française revenue du Congo offrit au Zoo de Mulhouse un couple de guibs d'eau (Tragelaphus spekei gratus) qui est à l'origine du troupeau actuel. En plus de trente ans, une centaine de naissances a été enregistrée. Malgré la consanguinité du troupeau, aucun signe de dégénérescence génétique n'a été observé. Un mâle reproducteur non apparenté a cependant été récemment introduit dans le groupe.

La population européenne de bharals (Pseudois nayaur) détenue en captivité est très réduite et le taux de reproduction reste faible. Une quinzaine d'animaux seulement comprenant une majorité de mâles et quelques rares femelles sont hébergés dans quatre institutions européennes. Le stud-book européen n'avait recensé qu'une seule naissance, un mâle, en 1997. De plus, la possibilité d'importer en Europe des bharals du Zoo de San Diego semble mince à cause d'une réglementation sanitaire très stricte. La naissance d'une jeune femelle au Zoo de Mulhouse en 1998 fut donc accueillie avec grande joie. D'autres naissances ont suivies à Mulhouse. Un bharal est né le 9 juin 2002.

Un grand lac se trouvant à cet endroit abrite de nombreux oiseaux tels que flamants roses, oies, canards... Deux îles hébergent en été des groupes de lémuriens et les tortues de Floride sont nombreuses à nager dans le lac. Vous pouvez observer un jeune maki catta jouant avec sa mère, il est né le 9 avril 2002.

Le secteur des animaux domestiques présente des ânes du Poitou, des chèvres naines, des chèvres de Rove, des moutons du Cameroun et des lamas. Mistinguette, Espoir et Prince sont à l'origine de la dynastie mulhousienne des baudets du Poitou. Espoir est né en 1970 et Mistinguette en 1976, originaires de l'un des derniers élevages poitevins, ils sont avec Prince, né en 1981 à la Ménagerie du Jardin des Plantes, les principaux géniteurs de la cinquantaine d'ânons nés à Mulhouse. La majorité a été répartie dans d'autres zoos (Berlin, Münster, Sarrebrück, Paris) mais aussi chez des éleveurs privés. Afin d'éviter lac consanguinité de la souche, trois mâles ont été acquis par la suite.

Les zèbres de Grévy (Equus grevyi) vivent dans un enclos de grande taille.

Un bâtiment spécifique est consacré à la présentation et à l'élevage des singes sud-américains. Celui-ci a été inauguré le 12 septembre 1993. Les cages, spacieuses et vitrées, sont densément plantées à l'extérieur et aménagées à l'intérieur afin d'offrir un milieu de vie riche et varié à la dizaine d'espèces différentes de tamarins et de ouistitis. Le tamarin bicolore (Saguinus bicolor bicolor), qui est rare dans les zoos, est présenté dans ce complexe. Quatre spécimens de capucin à poitrine jaune (Cebus apella xanthosternos) sont arrivés du Brésil en 1990 et deux autres en 1996. De nombreuses naissances ont été enregistrées jusqu'à présent. La dernière date du 14 avril 2002.

Le groupe de macaques de Tonkean (Macaca tonkeana) vit dans une grande structure en béton composée de différents niveaux, de nombreuses cachettes et recoins, de multiples plans inclinés et surfaces horizontales.

La singerie du Zoo de Mulhouse, inaugurée en 1968, est principalement consacrée à des singes arboricoles et forestiers d'Afrique : les cercopithèques. Les espèces présentées sont les suivantes : cercopithèque de Hamlyn (Cercopithecus hamlyni), cercopithèque des marais (Cercopithecus nigroviridis), cercopithèque de l'Hoest (Cercopithecus lhoesti), cercopithèque à ventre rouge (Cercopithecus erythrogaster) et cercopithèque diane roloway (Cercopithecus diana roloway). Une famille d'atèles noirs de Colombie (Ateles fusciceps robustus) vit dans la singerie. Un jeune est né le 21 mars 2002. Un groupe de gibbons à coiffes (Hylobates pileatus) est logé dans la singerie. Un gibbon est né le 12 juillet 2000. L'enclos extérieur dédié à cette espèce est plus récent que le reste de l'installation. Un cercopithèque diane roloway est né le 19 janvier 2002.
Cette installation, qui date de la fin des années 1960, est représentative de l'architecture de cette époque. Les cages sont conçues comme des laboratoires, utilisant des matériaux réputés hygiéniques tels le béton, le carrelage, le verre et l'inox, aisés à nettoyer et à désinfecter. Ces cages sont donc irréprochables sur le plan sanitaire mais peu esthétiques. Mais certaines évolutions sont tout de même à observer comme la création d'un tapis d'écorces dans certaines cages ou l'introduction de matières végétales...
Des caïmans à lunettes (Caiman crocodilus crocodilus), des pythons molures (Python molurus bivittatus) et des paresseux à deux doigts (Choloepus didactylus) sont également hébergés aux côtés des singes dans cette installation. Ils profitent de la touffeur du lieu. Une éclosion de tortues rayonnées (Geochelone radiata) a eu lieu le 26 mars 2002.

La visite se poursuit en empruntant le chemin qui monte à travers les arbres. L'enclos des guépards (Acinonyx jubatus) se trouve un peu plus loin. Les chiens de forêt (Speothos venaticus) et les loups à crinière (Chrysocyon brachyurus), deux canidés sud-américains, sont présentés un peu plus loin. Vous passez ensuite devant l'enclos des vautours puis un petit complexe prévu pour les perroquets.
Le zoo a réuni sur un grand terrain trois espèces : la vigogne (Lama vicugna), le nandou de Darwin (Rhea pennata) et la bernache de Magellan. Les manchots du Cap (Spheniscus demersus) se trouvent en face de vous dans un grand bassin.

Depuis 1982, les visiteurs du zoo peuvent rentrer dans les grandes volières. Les différentes espèces d'oiseaux se sont habitués à la présence toute proche du public et il est assez facile de les observer. Des regroupements de certaines espèces ont eu lieu. Quelques espèces présentées : ibis rouge (Eudocimus ruber), spatule rose (Ajaia ajaja), martin de Rothschild (Leucopsar rothschildi), ibis chauve (Geronticus eremita), touraco de Fischer (Tauraco fischeri), perroquet robuste (Poicephalus robustus), garrulaxe à gorge jaune (Garrulax galbanus simaoensis)... Un couple de calaos bicornes (Buceros bicornis) est hébergé dans une volière traditionnelle à côté de cette installation.

Des tortues sillonnées (Geochelone sulcata) et des tortues géantes des Seychelles (Geochelone gigantea) sont observables en été dans l'enclos des vautours. Les casoars (Casuarius casuarius) sont hébergés dans plusieurs enclos différents. De nombreuse cigognes blanches (Ciconia ciconia) se reproduisent au Zoo de Mulhouse et certaines sont réintroduites dans leur milieu naturel en Alsace et en Moselle. Les wallabies de Bennett (Macropus rufogriseus frutica) sont installés dans la même zone.

Le Zoo de Mulhouse est le seul parc au monde où trois sous-espèces de gibbon concolore sont présentes : gibbon à favoris blancs du Nord (Hylobates concolor leucogenys), gibbon à favoris blancs du Sud (Hylobates concolor siki) et gibbon à favoris roux (Hylobates concolor gabriellae). On peut également noter que les gibbons à favoris blancs du Sud (Hylobates concolor siki) sont uniques au monde. L'installation des gibbons est donc composée de trois enclos paysagés. Les quatre couples de gibbons concolores du parc se sont reproduits avec succès cette année. Des petits sont nés cet été : un gibbon à favoris blancs du Nord (Hylobates concolor leucogenys) né le 23 juillet, deux gibbons à favoris blancs du Sud (Hylobates concolor siki) nés le 18 et le 19 août et un gibbon à favoris roux (Hylobates concolor gabriellae) né le 18 septembre.
Les tortues rayonnées (Geochelone radiata) vivent, en été, dans un enclos non loin des gibbons. En hiver, elles sont hébergées dans un bâtiment chauffé. Les cerfs du Prince Alfred (Cervus alfredi) ont également un deuxième enclos à cet endroit.

L'installation de Madagascar a été construite en 1979. Elle abrite de nombreuses espèces de cette île comme par exemple : lémur aux yeux turquoises (Eulemur macaco flavifrons), lémur couronné (Eulemur coronatus), lémur à ventre roux (Eulemur rubriventer), vari noir et blanc (Varecia variegata variegata), lémur mongoz (Eulemur mongoz), vari roux (Varecia variegata rubra), petit hapalemur de l'Ouest (Hapalemur griseus occidentalis), petit hapalemur du lac Alaotra (Hapalemur griseus alaotrensis), propithèque couronné (Propithecus verreauxi coronatus)... Les naissances ont lieu en grand nombre dans ce complexe : lémur à ventre roux le 24 mars 2002, vari roux le 3 avril 2002, lémur mongoz le 8 avril 2002 et vari noir et blanc le 15 avril 2002.

Le jardin botanique est également très intéressant et offre un cadre adapté aux animaux.

En conclusion, le Zoo de Mulhouse est très axé sur la conservation in situ et ex situ. Les panneaux informatifs sont instructifs et les nombreux enfants, qui visitent le parc, courent de panneaux en panneaux.

Crée en 1947 pour soutenir le développement du parc, la Société des Amis du Zoo finance totalement ou en partie certaines améliorations portées à l'aménagement du parc, grâce aux cotisations de ses adhérents et aux dons qu'elle reçoit. En 1989, les Amis du Zoo ont décidé de compléter leur action en contribuant à des projets de conservation d'espèces menacées d'extinction auxquels le Zoo de Mulhouse participe, en particulier aux Philippines et au Vietnam.